Thomas獲肥控制員派到藍山石礦場工作，發現陌生的小火車Luke躲在山上的洞穴，Luke告訴Thomas一個驚人秘密：原來他初到索多島那天因搶先上岸，竟使同行的黃色火車掉進海裡，凶多吉少！Luke害怕被逐出索多島，於是一直躲藏起來。為了助新朋友重獲自由，Thomas決定要查明這宗古怪事件…